Ο 2ος κύκλος μεταπτυχιακών σπουδών οδηγεί στην απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος (Δ.Δ.). Διέπεται από τις διατάξεις του Ν.4485/17 (Α΄ 114) ή από άλλες νομοθετικές διατάξεις που, ενδεχομένως, θα τροποποιήσουν το νόμο αυτό, καθώς και από τις διατάξεις του Κανονισμού Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος.
Το Διδακτορικό Δίπλωμα χορηγείται με την προϋπόθεση ότι έχουν τηρηθεί όλες οι διαδικασίες του νόμου και έχουν εξασφαλιστεί οι προϋποθέσεις που κατά περίπτωση έχει προσδιορίσει η Γ.Σ.Ε.Σ. του Τμήματος, όπως αυτές αναγράφονται στο παρόντα κανονισμό. Κάθε υποψήφιος διδάκτωρ είναι υποχρεωμένος να εκπονήσει διδακτορική διατριβή, υπό την επίβλεψη και καθοδήγηση ενός Επόπτη, μέλους Δ.Ε.Π. του Τμήματος, με ερευνητικά ενδιαφέρονται συναφή προς το αντικείμενο της διδακτορικής διατριβής και της Συμβουλευτικής Επιτροπής, που παρακολουθούν συνεχώς την πορεία της διατριβής του και υποστηρίζουν την ερευνητική του προσπάθεια. Το θέμα της διδακτορικής διατριβής επιλέγεται από τον υποψήφιο διδάκτορα σε συνεργασία με τη Συμβουλευτική Επιτροπή.
Η διδακτορική διατριβή πρέπει να είναι πρωτότυπη ερευνητική εργασία, να περιέχει στοιχεία που προάγουν την Επιστήμη και να παράγει νέα επιστημονική γνώση, πράγμα που εκτιμάται με διεθνώς αποδεκτά επιστημονικά κριτήρια. Η διδακτορική διατριβή ολοκληρώνεται επιτυχώς σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 12, παράγραφος 5 του Ν.2083/92.
Η παρακολούθηση της ερευνητικής πορείας και ο έλεγχος προόδου του υποψηφίου διδάκτορα, η διαδικασία εκπόνησης και η διασφάλιση της ποιότητας της διδακτορικής διατριβής του είναι μέλημα και ευθύνη της τριμελούς Συμβουλευτικής Επιτροπής και κυρίως του Επόπτη, σύμφωνα με τα άρθρα 12 και 13 του Ν. 2083/92. Ο Επόπτης είναι μέλος ΔΕΠ του Τμήματος, των τριών ανώτερων βαθμίδων, με ερευνητικά ενδιαφέροντα συναφή προς το γνωστικό αντικείμενο της εργασίας. Η Συμβουλευτική Επιτροπή αποτελείται από τον Επόπτη και δύο άλλα μέλη ΔΕΠ, είτε του Ι. Π. είτε άλλου ΑΕΙ. Ένα από τα δύο αυτά μέλη ΔΕΠ μπορεί να είναι λέκτορας του οικείου τμήματος, εφόσον έχει τουλάχιστον τριετή θητεία, ή ερευνητής αναγνωρισμένου ερευνητικού κέντρου, με ερευνητικά ενδιαφέροντα επίσης συναφή προς το αντικείμενο της διδακτορικής διατριβής, σύμφωνα με την παράγραφο 5« του άρθρου 12 του Ν. 2083/92.